Il Progetto Scuola nella Scuola Media Inferiore viene attuato nelle classi seconde e terze e si svolge con le seguenti modalità:

• Nel mese di giugno viene spedito un invito alle scuole.
• Segue in settembre una riunione di presentazione del progetto agli insegnanti, nella sede della LILT con la partecipazione dei medici, delle volontarie e dei referenti per la salute delle scuole invitate.
• Il medico concorda con l'insegnante referente la somministrazione di un questionario con domande sugli stili di vita e sull'alimentazione degli allievi. Gli allievi raccolgono i dati sul questionario con l'aiuto dell'insegnante di matematica approfondendo alcuni elementi di statistica.
• Ogni lezione con il medico coinvolge due classi e dura circa 90-120 minuti. Le informazioni dedotte dal questionario rappresentano un utile background sul quale il medico costruisce il proprio intervento.
• Nella prima parte della lezione vengono presentate alcune semplici diapositive con frasi facilmente memorizzabili che riguardano la prevenzione di tutte le più importanti malattie. La  prevenzione dei tumori è solo accennata, poiché gli allievi sono troppo giovani per avere una conoscenza delle malattie oncologiche.
• Nella seconda parte dell'intervento si parla di alimentazione e per motivare maggiormente gli studenti si prendono in considerazione etichette di merendine, snacks e bevande che essi stessi portano a scuola. Con una tabella degli alimenti e tenendo conto della piramide alimentare, si insegna a calcolare agli allievi il numero di kilocalorie necessario ogni giorno e la corretta distribuzione percentuale dei principi nutritivi.
• A questo punto gli studenti creano delle opere grafiche in cui evidenziano i loro stili di vita. I lavori sono alla fine premiati con materiale didattico durante una riunione plenaria alla quale partecipano tutte le classi coinvolte nel progetto. 

Nelle scuole medie in cui la Lilt è già intervenuta l'interesse e la partecipazione degli studenti sono stati positivi anche per il coinvolgimento degli insegnanti di tutte le discipline, che hanno contribuito a trattare il problema della salute e della prevenzione attraverso test, letture e attività varie.